Klinika infektive e Spitalit Rajonal Shkoder është e vendosur në një godinë të veçantë në katin e pare. Në këtë klinikë realizohen konsultat ambulatore, diagnostikimi dhe trajtimi i sëmundjeve infektive. Klinika ka dhe një ambjent të veçantë reanimacioni për trajtimin e të sëmurëve rëndë.