Shërbimi i farmacisë funksionon si një sektor më vete,ndodhet ne katin -1 i cili realizon furnizimin, ruajtjen dhe shpërndarjen e medikamenteve dhe materialeve të mjekimit sipas nevojave dhe kërkesave të pavionëve te Spitalit.
Farmacia e Spitalit ka nje magazinë qëndrore me sistem kondicionimi dhe frigorifera për ruajtjen e barnave, dy depo të tjera gjithashtu dhe nje ambjent figoriferik të madh për ruajtjen e materialeve të laboratorit të Spitalit.